La biodiversité est une notion essentielle dans la compréhension de la démarche Natura 2000.
La diversité biologique s'évalue par la variété d'espèces différentes vivant dans une même zone.
Si une seule espèce accapare un milieu naturel, cela n’a que peu d’intérêt. On a plutôt tendance à diversifier le milieu au maximum. C’est un peu comme le nombre de fleurs différentes poussant dans un jardin : plus il y a de diversité, mieux c’est ! (Voir pourquoi.)
Deux termes sont également souvent associés à la biodiversité : rareté et abondance.