Afin de s’assurer que les pays membres atteignent bien leurs objectifs, un suivi est réalisé tous les 6 ans par le Muséum d’Histoire Naturelle. L’état de conservation des habitats dans les sites Natura 2000 est alors évalué et comparé à l’état précédemment observé. S’il y a statu quo ou amélioration des habitats, tout va bien. Si, au contraire, les habitats se sont dégradés, la France risque alors des sanctions de la part de l'Europe.